粘膜呼吸器ウイルスによる自然感染は、人間の免疫系が粘膜ウイルス複製の非常に短い間隔の間にそれらを許容するように進化したため、人間の免疫応答によって完全に制御されない可能性があります 多くの異なる粘膜呼吸器ウイルス感染症の徴候と症状は著しく類似しています:病気の短い期間と、鼻漏り、くしゃみ、喉の痛み、可変咳、倦怠感、および多くの場合、低または不在の発熱を特徴とする典型的に複雑ではないコース。41これらの共通点は、宿主の炎症および生来の免疫応答を含むこれらのウイルスの同様の病原性メカニズムを強く示唆しています。 粘膜呼吸器ウイルスが耐久性のある保護免疫を引き出すことができないことは、他の多くの要因の中でも、ウイルスの宿主およびウイルスへの宿主の進化的適応を反映しています。この進化関係では、ウイルスには2つの重要な利点があります。（1）人間の呼吸器免疫系は、生来の免疫応答が優勢な接種後の最初の5〜7日の間に効果的なウイルス免疫除去を阻害する可能性のある複雑な耐性調節（下記参照）を発現するように進化しました。（2）非常に短い潜伏期間（表1）は、適応免疫応答がそれらを排除するために適切にマウントされる前に、実質的かつ挑戦の余地のないウイルスの複製と今後のウイルスの広がりを可能にします。42,43 さらに、呼吸免疫系のいくつかのコンパートメントは、他の臓器系の免疫系コンパートメントとは大きく異なる方法で機能します。特に、呼吸免疫系は、涙/結膜関連リンパ組織(TALT)、鼻咽頭関連リンパ組織(NALT)、気管支関連リンパ組織(BALT)、44の半組織化された粘膜関連リンパ組織(MALT)の別々の組織特異的領域に存在する。これらのコンパートメントのそれぞれは、ウイルス感染と抗原の提示を独立して感知し、他のコンパートメントや全身免疫系と相互作用し、局所エフェクター応答を開始し、可変的に忍容性免疫状態を維持します。 「疾患耐性」および「免疫耐性」という用語は、宿主が生存を最適化するために感染やその他の抗原刺激を「受け入れる」ことを可能にする哺乳類の免疫防御メカニズムのまだ不完全だが明確なカテゴリを指します(Medzhitov et al.42およびIwasaki et al.43でレビュー)。人間は呼吸と一口ごとに膨大な量の外因性タンパク質を吸い込み、摂取するため、呼吸器および胃腸の免疫区画は、外の世界からの継続的かつ大規模な抗原攻撃に対処するために進化してきました。(胃腸粘膜のウイルス感染に対する免疫反応は最近見直され、45、ここでは議論されていません。)吸入および摂取されたタンパク質は、同定され、許容されるか、攻撃され、排除されなければならない。これには、傍観者組織の損傷を引き起こす可能性のある感染性病原体やアレルゲンに対する免疫応答をダウンレギュレーションしながら、無害な外来タンパク質を同時に受け入れる高度に進化した複雑な免疫「意思決定」戦略が必要です。46,47,48,49,50 病原体の目的論的観点から、粘膜複製/非全身性呼吸器ウイルスは、適応免疫応答を完全にマシュアル化して制御する前に、最適に感染し、複製し、迅速に拡散するために、何千年もの間、耐性宿主免疫環境に適応してきました。他の戦術の中でも、宿主インターフェロン（RNAウイルスの他の全身複製と同様に）応答を阻害し、デコイ抗原を発現し、重大な宿主組織損傷を引き起こすことなくウイルスの生存を促進する異常な免疫応答を誘導することによって、そうします。16 宿主呼吸マイクロバイオームは、一方では感染を制限することによって（例えば、IFN産生を調節することによって）、他方では感染を促進することによって（例えば、免疫耐性の抗ウイルス状態を誘導する）ことによって、このバランスにも貢献します。46,51,52,53腸内微生物叢はまた、ワクチン反応の個々の変動に関連しており、この関連はまた、さらなる詳細な調査が必要です54,55